上記の魚介類を摂取して数時間後(多くは8時間以内)に上腹部の激痛が起こります。
10時間以上経ってから痛みが出ることもあります。
アレルギー反応を起こすので、蕁麻疹や発熱を伴うこともあります。
痛みに嘔気や嘔吐を伴うことがありますが、通常、下痢はみられません。
痛みは持続性の場合と間欠性(波がある)の場合があります。
胃を通過し、小腸や大腸に虫体が流れてから刺入した場合は、その部位にアレルギー反応を起こして腸の壁が肥厚(ひこう:むくんで厚くなること)します。
すると通過障害を起こして、腹痛や嘔吐が強く生じます。
腸閉塞を起こすことも多く、手術して小腸を切除し、そこで初めて胃アニサキス症と診断されることもあります。